2014/8/27追記
設定画面の一番上にありました。気づかなかった。。。
なので以下は忘れましょう。
atom-lint でbeep音が気になるのでoffにする方法がないかと調べていたら、ありました。
config.csonに以下のように書けばok。
'core': 'audioBeep': false
ググっても出てこなかったのでソースを見ていると atom/atom.coffee at master · atom/atom atom.coffee#L548 それっぽいところがありました。
