Mavericksから iBooks は iTunes から独立したアプリとなり、MacでもiBooksを立ち上げて電子書籍を参照することができるようになりました。
iTunes Store で購入した電子書籍は同期されるようなのですが、
自分で追加したpdfは同期されまないようです。（ここで言う「同期されない」とは、複数のMacで同期されないという意味です。）私はほとんどが自分で追加したpdfや別の電子書籍ストアで購入したものを突っ込んでいるので同期されないと困ります。
そこで
調べてみたら、以下に解答がありました。
mac - Where are books stored after iBooks migration on Mavericks? - Ask Different
下記のディレクトリを古いMacからまるまる移行して再起動でokでした。
~/Library/Containers/com.apple.BKAgentService/Data/Documents/iBooks/Books
