ATOM 全角 スペース highlight - Qiita
ほぼこの記事と同様なのですが
全角スペースを可視化するプラグイン raccy/show-ideographic-space · GitHub
を入れて、CSSをカスタマイズすればこんな感じになります。
atom-text-editor::shadow { .ideographic-space { .invisible-character { color: @background-color-error; } } }
対象のclassを調べるのも、ほぼchromeのようで簡単です。