（私はPHP/CodeIgniterについて全然詳しくないということを最初に書いておきます。あと、Rubyが恋しいです。）
ライセンス問題を乗り越えて3末にリリースされています。
CodeIgniter 3.0
ライセンス問題は以下が詳しいです。
CodeIgniter 3のライセンスがMITライセンスに変更され、いわゆるライセンス問題は完全に解消 — A Day in Serenity (Reloaded) — PHP, FuelPHP, Linux or something
差分は Upgrading from 2.2.x to 3.0.0 — CodeIgniter 3.0.0-dev documentation を見るといいかもしれません。
FALSE返していたものがNULLを返すようになった系が結構あり、
do_hash が dash でもokになったとか細かい変更もいくつかあるようです。
（ちゃんと見れてないですが）まぁ、しかし2系から大きな変更というのはそれほどない感じがします。
個人的な印象
（悪い印象）
・トップ :: 日本CodeIgniterユーザ会 日本人コミュニティは死に体っぽい。 （2011年で止まっていて残念）
・なんかテスト書きにくくない？
・PSR準拠しないframeworkってどうなのよ？
（良い印象）
・実は日本語訳のプロジェクトがある
NEKOGET/ci_user_guide_src
ググってみると今現在作成中のようです。CI3 使う人は積極的に参加してみましょう。
・結構早いらしい
2014年の最新PHPフレームワークをベンチマークしてみる — A Day in Serenity (Reloaded) — PHP, FuelPHP, Linux or something
・なんつってもソース量少ないから、まぁまぁ読める
でも正直なところ、いい印象より悪い方が勝ってる気がします。
これじゃない感がしています。（ということでlaravelこれから少し学んでみます）
Style Guideについて
まぁ折角なので、Style Guideの2と3の差分を取ってみました。
・CI2: CodeIgniterへようこそ : CodeIgniter ユーザガイド 日本語版
・CI3: PHP Style Guide — CodeIgniter 3.0.0-dev documentation
PHP の終了タグ / PHP Closing Tag
「代わりにファイルの最後には、コメントブロックを使用しアプリケーションルートからの位置を記述しています。」
がなくなっています。不要ですよね。
File Naming
追加。クラス名は大文字で始める。それ以外は小文字始まり。
互換性 / Compatibility
当たり前ですが、ここはversionが変更されています。
CodeIgniter recommends PHP 5.4 or newer to be used, but it should be compatible with PHP 5.2.4
クラス名とファイル名を共通にする
なくなっているようです。
（プレフィックス不要なのはautoloaderのおかげってこと？）
データベーステーブル名
なくなっているようです。
